Podobnie jak w Szachownicy I punktem wyjścia do rozpoczęcia prac było przygotowanie projektu technicznego robót. Dużym zaskoczeniem były wyniki badań spękań górotworu, które wskazywały na większe ryzyko zawału niż w przypadku Jaskini Szachownica I. Zagrożenia nie sposób było ocenić na pierwszy rzut oka, decydował o nim bowiem zakres spękań ukrytych głęboko wewnątrz górotworu, a także nieco inny układ bloków skalnych, który sprzyjał ich przesunięciom. Wynikami analizy statyki górotworu zaskoczeni byli nawet naukowcy od wielu lat prowadzący badania przyrodnicze w tym obiekcie. Przyznali oni, że nie zadawali sobie sprawy ze skali zagrożenia.

W Szachownicy II  wykorzystano analogiczne metody zabezpieczenia stropu przed zawałem jak w Jaskini Szachownica I tj.:

-        kotwy iniekcyjne, przez które pod ciśnieniem wtłaczano klej celem zespojenia bloków skalnych, oraz

-        opięcie siatką stalową powstrzymującą przed osypywaniem drobnych elementów.

Zgodnie z przyjętą metodyką klej tłoczony był do momentu pojawienia się pierwszych wycieków.

Jednym z ostatnich elementów robót była próba wyrywania wytypowanych kotew, co pozwalało na weryfikację poprawności wykonania prac.

Po przeprowadzeniu próby wyrywania kotwy zostały obcięte.